การปฏิบัติงานตรวจสอบภายใน มีแนวทางปฏิบัติ ตามระเบียบกระทรวงมหาดไทยว่าด้วยการตรวจสอบ ภายในขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น พ.ศ.2545 และระเบียบคณะกรรมการ ตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการ ปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ.2546 โดยสรุปดังนี้

 

1. ผู้ตรวจสอบภายในมีบทบาทหน้าที่รับผิดชอบในการตรวจสอบและประเมินความเพียงพอ ของมาตรการควบคุมภายในมีหน้าที่รับผิดชอบ โดยตรงต่อการบริหารความเสี่ยงเกี่ยวกับการทุจริต
2. ตรวจสอบด้านงบประมาณ การเงินบัญชีและพัสดุ
3. ตรวจสอบด้านการปฏิบัติตามกฎหมายและระเบียบข้อบังคับ
4. ตรวจสอบการดำเนินงาน